มีความเชื่อกันว่าผู้หญิงควรหลีกเลี่ยงการดื่มน้ำมะพร้าวเมื่อมีประจำเดือน แต่จริงๆ แล้วน้ำมะพร้าวไม่ได้มีผลเสียต่อประจำเดือนแต่อย่างใด ประจำเดือนคือกระบวนการปล่อยเลือดและเนื้อเยื่อบุโพรงมดลูก เมื่อไม่มีการตั้งครรภ์ ฮอร์โมนเอสโตรเจนและโปรเจสเตอโรนควบคุมการลอกของเยื่อนี้ ความเชื่อที่ว่าประจำเดือนคือเลือดเสียเป็นสิ่งที่เข้าใจผิด ไฟโตเอสโตรเจนในมะพร้าวกลับช่วยควบคุมรอบประจำเดือนได้ และยังมีวิตามินและแร่ธาตุต่าง ๆ ที่มีประโยชน์ เช่น วิตามินซีเพิ่มการดูดซึมธาตุเหล็ก ช่วยลดอาการที่มักเกิดก่อนหรือระหว่างมีประจำเดือนอย่างเจ็บเต้านมหรือปวดท้อง การดื่มน้ำมะพร้าวในปริมาณที่พอเหมาะจึงเป็นประโยชน์ต่อสุขภาพในขณะมีประจำเดือนไปด้วย